Posterior a la detección realizada por la Auditoria Superior de la Federación de un fraude de más de 390 millones de pesos derivado de convenios con la Secretaria de Desarrollo Social Federal se abrieron diversas carpetas de investigación, como resultado de las mismas el Ex Rector de la UAEM  Alejandro Vera fue detenido en Cuernavaca.

 Los ilícitos que se le imputan son enriquecimiento ilícito, y abuso de confianza en perjuicio de los trabajadores de la Universidad.

 Según se termino por la fiscalía anticorrupción el ilícito atiende a los 25 millones de pesos y se determino vincular a proceso también a la esposa del Catedrático dado que entre los años comprendidos entre el 2012 adquirieron diversos vehículos al igual que múltiples propiedades, los montos gastados no coinciden con los ingresos así como tampoco pueden explicar diversos depósitos a sus cuentas.

 El desarrollo de estas investigaciones pudiera desembocar en la captara  de altos funcionarios de la Sedesol y de la Secretaria de hacienda  pues según ha trascendido el mismo modo de operación fue realizado en diversas Universidades del País como una forma de desviar recursos para campañas políticas.