La PGJE estableció que el sacerdote fue visto por última vez la noche del lunes 19 de septiembre, cuando acudió a un establecimiento de comida donde solicitó que se le enviaran cuatro raciones que le fueron entregadas a las 21:30 horas.
La mañana del martes 20 de septiembre, el encargado de la iglesia de la Santísima Trinidad inspeccionó el área de descanso de la parroquia donde habitaba el religioso y descubrió que sus objetos personales se encontraban revueltos, por lo que dio aviso a las autoridades quienes confirmaron que los vehículos también habían sido sustraídosde la casa parroquial.
El arzobispo de Morelia, Alberto Suárez Inda, confirmó en una misa oficiada en la colonia San Rafael, que había sido localizado el cuerpo del padre López Guillén. El secretario General de la Conferencia del Episcopado Mexicano (CEM), Alfonso Miranda Guardiola, demandó a las autoridades esclarecer este “crimen inexcusable”.
El cuerpo del sacerdote fue incinerado y se espera que las cenizas sean entregadas a sus familiares.
